Okienkowanie redukuje przeciek widma transformaty poprzez redukcję amplitudy listków bocznych funkcji sinc sin(x)/x. Robi się to poprzez wymuszenie na wartości wejściowego ciągu, zarówno na początku, jak i na jego końcu przedziału próbkowania, by gładko dążył do jednej wspólnej liczby. Istnieje kilka różnych funkcji okien, które posiadają swoje prywatne plusy i wady. Wybór właściwego okienka zależy od jego wykorzystania, ale niezależnie od tego, które okienko zostanie wyselekcjonowane, zawsze zmniejsza się przeciek objawiający się w wartościach wyjściowych transformaty, porównując z przeciekiem przy użyciu okna prostokątnego. Okna Bartletta, Hamminga i Hanninga posiadają znacznie większe wyciszanie listków bocznych, niemniej jednak szerokość ich listków zasadniczych jest dużo większa, niż w przypadku okna prostokątnego. Im szerszy listek podstawowy, tym mniejsza jest rozdzielczość transformaty. Największe wygłuszenie w paśmie nieprzepuszczającym ma okienko Blackmana-Harrisa, ale posiada przy tym jedną z największych szerokości listka zasadniczego. Całościowo można zaobserwować, że im większe wygłuszenie listków bocznych, tym szerszy jest listek podstawowy. Wybór okna jest kompromisem pomiędzy szerokością listka bocznego, tłumieniem w paśmie nieprzepustowym i szybkością niwelowania listków pobocznych w miarę zwiększania się częstotliwości. Okno Kaisera posiada regulowany – dobroć, umożliwiająca w pewnym zakresie zdobyć ten kompromis.